在确认过程中，客观上存在由于税务行政执法不规范从而导致税收筹划失败的风险。因为无论哪一种税，税法都在纳税范围上，都留有一定的弹性空间，只要税法未明确的行为，税务机关就有权根据自身判断认定是否为应纳税行为，加上税务行政执法人员的素质参差不齐和其他因素影响，税收政策执行偏差的可能性是客观存在的，其结果是：企业合法的税收筹划行为，可能由于税务行政执法偏差导致税收筹划方案成为一纸空文，或被认为是恶意避税或偷税行为而加以处罚；或将企业本属于明显违反税法的税收筹划行为暂且放任不管，使企业对税收筹划产生错觉，为以后产生更大的税收筹划风险埋下隐患。
割裂税种之间的内在联系。每一种税看起来是的，有单独的条例和实施细则，而事实上它们通过经济行为这一载体，有着或多或少的内在联系。关于这一点，通过企业所得税计算应纳税所得额的简单计算公式可以直观地看出。应纳税所得额=收入总额-准予扣除的成本、费用、损失等-消费税、营业税、城建税、资源税、土地增值税、教育费附加等。当我们对公式中涉及的流转税进行筹划时，只有当减少的流转税的税负高于企业所得税税负时，减轻税收负担的目的才能达到。否则就有可能经过筹划少交了某些流转税，而后可能缴了更多的企业所得税。
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